Este territorio ha sido objeto de una ocupación continuada desde el Neolítico Final (entre el V y el IV milenio a. C), como así lo confirman los restos arqueológicos hallados en diferentes puntos del valle. Con la llegada de esta nueva etapa histórica y el atemperamiento climático asociado a ella –Holoceno–,se inicia una nueva forma de ocupación del espacio por parte de los colectivos humanos; en nuestro territorio, la caza y la recolección de frutos silvestres van a continuar vigentes en la economía de este periodo si bien, a estas actividades procedentes del pasado, se sumará ahora un componente agropastoril, fundamentado en una agricultura extensiva o itinerante afincada en las áreas más fértiles, esto es, en los fondos del valle, y en una trashumancia ganadera de amplio radio que obliga al desplazamiento constante de los grupos humanos; esta circunstancia se materializa en el carácter móvil o inestable de los asentamientos, lo que explica la precariedad de las estructuras de habitación, construidas con materiales perecederos que han hecho imposible su conservación hasta nuestros días. Frente a la escasa entidad del hábitat, del que apenas se han detectado vestigios, los grupos humanos de estos momentos desarrollaron una verdadera arquitectura funeraria a base de grandes tumbas de carácter colectivo: los megalitos. En el Valle de Mena, se han detectado diversas estructuras megalíticas, a saber: sepulcros de corredor (Villasuso), dólmenes (Santa Olaja, Angulo) y cámaras simples bajo túmulo (Montes de Ordunte) .

En el III milenio a. C (2900- 2000 a. C) asistimos a una nueva etapa en la evolución de los colectivos humanos, caracterizada, entre otros aspectos relevantes, por un avance importante en el proceso de sedentarización y por la aparición de la metalurgia del cobre. Este periodo se conoce como la Edad del Cobre o Calcolítico, y a él se adscribe un potente yacimiento, localizado en el entorno del Pantano de Ordunte y constituido por varios túmulos funerarios y una extensa área de habitación al aire libre de la que se conservan más de veinte hogares. Ambas zonas arqueológicas se encuentran en inmediato contacto, de lo que se desprende una fuerte interrelación entre el paisaje propiamente funerario y el de los vivos. Las campañas arqueológicas de 1991, sacaron a la luz materiales líticos como puntas de flecha con incipientes aletas, microlitos geométricos o piezas de hoz que se inscriben en el contexto cronológico descrito.

La secuencia arqueológica correspondiente a la Prehistoria en territorio menés, se completa con el yacimiento emplazado en el monte Socueto, en las inmediaciones de la localidad de Opio. Se trata de un castro de la II Edad del Hierro (siglos IV- I a. C), habitado en su momento por los autrigones, pueblo de origen indoeuropeo que se estableció a lo largo y ancho de una franja territorial que se extendía desde el Cantábrico hasta la comarca de La Bureba, incluyendo los espacios correspondientes a la actual comarca de Las Merindades y el Valle de Mena. La influencia de este contingente poblacional de origen indoeuropeo sobre el sustrato indígena preexistente, dio lugar a una forma de vida y una cultura material que adquieren forma en el yacimiento de Opio y en los hallazgos vinculados a este hábitat fortificado.

Todo el asentamiento castreño –salvo el flanco norte, protegido con defensas naturales– se encuentra reforzado por un sistema de doble muralla y en su interior, se observan aterrazamientos artificiales y amontonamientos de piedras que probablemente corresponden a las cabañas del poblado.